Quando você possui cheques vinculados a um contrato, para dar baixa nos títulos com cheque é necessário acessar Financeiro > Contas a Receber > Cheques. Você deve marcar os cheques que deseja dar baixa, e clicar em CREDITAR. Nesse momento o título vinculado a esse cheque também é quitado.
Para consultar os contratos que possuem cheque, acesse Financeiro > Contas a Receber > Negociações.