Quando você está cadastrando uma empresa como cliente ou fornecedor, e aparece uma mensagem informando que já existe empresa cadastrada com esse CNPJ, acesse o menu Avançado > Pessoas.
No campo Pesquisar, informe o CNPJ (com formatação). Aparecerá o cadastro já existente:
Verifique se é essa empresa que você deseja cadastrar, e caso contrário, ajuste o CNPJ.