Quando, por algum motivo a nota de entrada importada não puxar a chave de acesso, para incluí-la é bem simples, acesse:
Fiscal > Notas Fiscais de Entrada;
Reedite a nota de entrada que você precisa incluir a chave;
O campo chave de acesso ficará disponível para edição;
Inclua a chave de acesso sem espaços (esta informação você consegue na danfe da nota);
Após a inclusão da numeração no campo próprio, confirme e finalize a nota novamente;