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Abra a nota que você precisa excluir o IPI e edite-a;
Clique em "Editar Itens";
Clique no primeiro item da listagem e clique em "Ver Tributação";
Desça a barra de rolagem até o final da tela e clique em "Editar";
Localize os campos referentes a IPI e zere-os;
Clique em "Confirmar";
Repita a operação em todos os itens e finalize a nota;
Os valores da nota só atualizarão após a FINALIZAÇÃO da mesma;