Dê entrada nas notas normalmente e quando clicar sobre o nº da nota para informar o CFOP, clique na aba ITENS, no topo da tela.
Já nesta aba, você clicará sobre cada item em VERMELHO, editará ele, clicará na lupa e selecionará o item e máscara correto referente a esta entrada.
Confirme e repita a operação com os outros itens