Quando você for finalizar uma nota de entrada e você receber esta mensagem:

Edite a nota que você está finalizando;

Procure o campo "Almoxarifado";

Selecione o almoxarifado que você deseja incluir estes itens e marque a opção "Alterar para todos os itens";

Caso os itens entrarão em almoxarifados diferentes, você precisará editar os itens da nota e selecionar o almoxarifado dentro de cada item;

E por fim, confirme a nota e pode finaliza-la;