Quando você for finalizar uma nota de entrada e você receber esta mensagem:
Edite a nota que você está finalizando;
Procure o campo "Almoxarifado";
Selecione o almoxarifado que você deseja incluir estes itens e marque a opção "Alterar para todos os itens";
Caso os itens entrarão em almoxarifados diferentes, você precisará editar os itens da nota e selecionar o almoxarifado dentro de cada item;
E por fim, confirme a nota e pode finaliza-la;